Šalia Šv. Jurgio Kankinio bažnyčios veikia bernardinų vienuolynas. Nuo šio vienuolyno prasidėjo mūrinė Kauno senamiesčio statyba. Archeologai nustatė, kad pagal mūrą, skiedinį, plytų rišimą vienuolynas datuojamas XVI a. pabaiga. 1471 m. balandžio 4 d. Kazimiero Jogailaičio maršalka, Gardino seniūnas Stanislovas Sudivojaitis amžiams suteikė bernardinams savo paveldėtą dvarą su daržu ant Nemuno kranto greta Kauno pilies. Pradžioje miesto valdžia neleido statyti mūrinio vienuolyno, dėl didžiulės grėsmės mūrinei Kauno piliai, buvo net gautas popiežiaus leidimas perkelti vienuolyną. Tačiau vėliau miesto valdžia persigalvojo. Metams bėgant, nepaisant gaisrų, daugybės karų, kariuomenių plėšimų Kauno Bernardinų vienuolynas ir Šv. Jurgio Kankinio bažnyčios pastatų kompleksas, paveldosaugininkų nuomone, yra bene vertingiausi Laikinosios sostinės pastatai, išsaugoję daugybę autentiškų dalykų.

Bernardinų vienuolynas kartu su Šv. Onos ir Šv. Pranciškaus Asyžiečio (Bernardinų) bažnyčiomis sudaro Bernardinų istorinį-architektūrinį paminklą. Tai unikalus senamiesčio urbanistinis kompleksas. Vienuolynas, kaip ir Bernardinų bažnyčia, pastatytas XV a. ir ne kartą rekonstruotas bei perstatytas. Iki mūsų dienų išlikę daug originalių fasadų, interjero bei eksterjero detalių ir formų, vienuolyno gotikinis planas išliko nepakitęs. Vienuolyne gyvendavo dešimtys, o kartais net šimtai dvasininkų. Po 1863 m. sukilimo vienuolynas buvo uždarytas, čia buvo įkurtos kareivinės. Negrįžtamai Bernardinų istorinį architektūrinį ansamblį suniokojo 1870 m. pro pat Šv. Onos bažnyčią nutiesta gatvė. Ji perkirto Bernardinų sodą ir šventorių. Po Pirmojo pasaulinio karo vienuolyno interjeras rekonstruotas. Jo patalpos pritaikytos Vilniaus dailės akademijai.